Un grupo de profesionales, entre los que se encontraban Químicos, Ingenieros Químicos y Farmacéuticos principalmente, encabezados por el Dr. Adrián Chaverri Rodríguez, elaboró un proyecto de estatuto de un Colegio Profesional, el cual se convirtió en Decreto de Ley No. 431 del 15 de marzo de 1949.

El Colegio fue creado con el nombre de Colegio de Químicos en 1949, luego su nombre pasó a Colegio de Químicos y de Ingenieros Químicos en 1969 y finalmente en 1977 se nombró Colegio Federado de Químicos y de Ingenieros Químicos de Costa Rica que incorporaba profesionales de las carreras de Química, Ingeniería Química, Tecnología de Alimentos, Nutrición, Ingeniería en Metalurgia y en Maderas.

El Colegio contó con varias oficinas hasta que en 1984 compró su propio edificio bajo la Presidencia del Ing. Ricardo Orozco.

Al separarse el Colegio Federado, se crea de manera independiente el Colegio de Químicos de Costa Rica, al entrar en vigencia la Ley 8412 Ley Orgánica del Colegio de Ingenieros Químicos y Profesionales Afines y Ley Orgánica del Colegio de Químicos de Costa Rica, la cual contiene el Titulo II que rige las funciones de nuestro Colegio.

Se realiza la compra de las instalaciones del edificio anexo al Colegio con la intención de ampliar el espacio físico.

El cual implicó cambios como la reactivación del trabajo de las Comisiones Asesoras, cambios y mejoras de la identidad visual y los procesos de comunicación,  fortalecimiento de la Fiscalía del CQCR, la creación un sistema de gestión, la automatización de base de datos y ERP contable; entre otros.

Como parte de la implementación del Programa de Gestión Ambiental Institucional, el CQCR aprobó por primera vez la Política Ambiental: "Fomentar en los colaboradores, miembros y partes interesadas del CQCR el uso y manejo coordinado de los recursos, la protección ambiental y prevención de la contaminación, bajo los principios de desarrollo sostenible y el amparo del derecho ambiental, esto mediante instrumentos de evaluación, análisis de resultados, análisis de riesgos y acciones correctivas en busca de mejora continua".